Material Studio 软件教程

快捷键

Alt+双击 选中某个原子可以选择所有该元素对应的原子
鼠标中键 移动晶胞和所有原子
Shift+鼠标中键 移动选中的原子

文件可视化

由于 MS 一些特定后缀的文件需要一些额外的操作才可进行可视化，故在此进行简要的介绍。

轨迹文件（*.arc）

arc 文件记录了原子结构变化的轨迹信息，其详细文件格式可参看 MS 提供的离线手册，下面分步骤讲述如何查看 arc 文件的轨迹信息（以 CeO\(_2\)(111) 表面 H\(_2\) 解离过渡态的振动轨迹为例，文件可在此处下载）。

将 arc 文件拖到 MS 软件中，并根据个人习惯进行结构的调整；

../_images/freq1.png

初次导入 arc 文件时，需要将动画工具显示在工具栏处，选择 View-Toolbars-Animation 即可实现；

../_images/freq2.png

完成第二步时，便可在工具栏处找到动画相关的按钮选项，如上图红框所示；
点击播放按钮，结构自己就会按照轨迹的运动方向循环播放，至此便完成了 arc 文件的查看。

电荷密度文件（*.grd）

grd 文件记录了电荷密度的信息，其详细文件格式可参看 MS 提供的离线手册，下面分步骤讲述如何查看 grd 文件的轨迹信息（以 CeO\(_2\)(111) 表面 H 吸附的模型为例）。

导入已经优化好的 xsd 文件；

../_images/grd1.png

导入 grd 文件，选择 Edit-Insert From，弹出对话框，选择你想导入的 grd 文件；

../_images/grd2.png

首次导入 grd 文件时，需要将电荷密度工具显示在工具栏处，选择 View-Toolbars-Volume Visualization 即可实现；

../_images/grd3.png

完成第三步时，便可在工具栏处找到电荷密度查看相关的按钮选项，如上图红框所示；
点击 Create Isosurfaces，即可将电荷密度映射到结构模型中；
右键选择 Display Style-Isosurface, 调节合适的 isovalue 即可制作精美的电荷密度图（此处设置为 250）。

../_images/grd4.png

Perl 接口

Perl 基础语法

遍历目录下的所有文件

my $dir="C:\\Users\\hui_zhou\\Documents\\Materials Studio Projects\\Default\\Documents\\catalysts";

opendir (DIR, $dir) or die "can't open the directory!";
my @dir = readdir DIR;

正则匹配文件后缀
```
$file =~ /\.xsd/
```
变量替换
```
$prefix =~ s/\.xsd//;
```

MS 接口相关

引用 MS 接口
```
use MaterialsScript qw(:all);
```

打开结构文件并绑定到 doc 变量

my $doc = $Documents{"heterogenous\\$file"};

取消结构的对称性
```
$doc->MakeP1;
```

设置边框的颜色

my $lattice=$doc->Lattice3D;
$lattice->Color=16724923;

计算成键
```
$doc->CalculateBonds;
```
获得所有原子
```
my $atoms=$doc->UnitCell->Atoms;
```
更改原子的显示类型
```
$atom->Style = "Ball and stick";
```
保存结构
```
$doc->Save;
```

将结构输出为 msi 格式

$doc->Export("$export_dir\\${prefix}.msi");

关闭结构文件
```
$doc->Close;
```

技巧

读取 cif 文件时，其 _atom_site_label 不能为数字