Docker 教程
Docker 是一个开源的应用容器引擎，基于 Go 语言 并遵从 Apache2.0 协议开源。它可以让开发者打包他们的应用以及依赖包到一个轻量级、可移植的容器中，然后发布到任何流行的 Linux 机器上，也可以实现虚拟化。
Docker 常用命令
从镜像仓库中拉取镜像（IMAGE）
docker pull IMAGE
查看所有镜像
docker images
删除镜像
docker image rm IMAGE1 IMAGE2 ...
docker rmi IMAGE1 IMAGEs ...
根据
Dockerfile构建镜像（如 vasp:5.4.4）
docker build -t vasp:5.4.4 .
最后的 . 表示 Dockerfile 在当前目录下面。
将容器打包为一个镜像
docker commit [OPTIONS] CONTAINER [REPOSITORY[:TAG]]
以某个镜像（IMAGE）启动一个容器，并在容器内执行 bash 命令
docker run -it IMAGE "/bin/bash"
列出运行中的容器
docker ps
加上 -a 参数列出所有容器（包括未运行的），-s 参数列出占用空间
启动一个容器
docker start container_id
进入一个容器
docker attach container_id
复制本地文件到镜像
docker cp local_path container_id:docker_path
复制镜像文件到本地
docker cp container_id:docker_path local_path
容器重命名
docker rename old_name new_name
退出 docker 终端（快捷键
Ctrl+P+Q）终止一个容器
docker stop container_id
删除容器
docker container rm CONTAINER1 CONTAINER2 ...
docker rm CONTAINER1 CONTAINER2 ...
查看 docker 占用空间大小
docker system df
加上 -v 参数展示详细信息
查看 docker 占用空间大小
docker system df
加上 -v 参数展示详细信息
清除 docker 构建缓存（超过 48 小时以上）
docker builder prune --filter 'until=48h'
给镜像打标签（例如，将镜像 ubuntu:15.10 标记为 runoob/ubuntu:v3 镜像）
docker tag ubuntu:15.10 runoob/ubuntu:v3
上传镜像
docker push image:tag
Linux 基础镜像组件（rootfs）
bin目录
bin
├── dash
└── sh -> dash
etc目录
etc
├── bash.bashrc # 初始化 bash-shell，定义 PS1 环境变量
├── group # 用户组配置文件，`groups` 命令必须
└── passwd # 用户信息文件，`whoami` 命令必须
lib目录
lib
├── terminfo # 定制终端的外观和交互行为，缺失时 backspace 删除变空格
└── x86_64-linux-gnu
├── ld-2.31.so # 程序运行前链接动态库
├── libc-2.31.so
├── libc.so.6 -> libc-2.31.so
├── libdl-2.31.so # 程序运行时链接动态库
├── libdl.so.2 -> libdl-2.31.so
├── libgcc_s.so.1
├── liblzma.so.5 -> liblzma.so.5.2.4
├── liblzma.so.5.2.4
├── libm-2.31.so
├── libm.so.6 -> libm-2.31.so
├── libncurses.so.6 -> libncurses.so.6.2
├── libncurses.so.6.2
├── libncursesw.so.6 -> libncursesw.so.6.2
├── libncursesw.so.6.2
├── libnss_files-2.31.so # whoami 命令必须
├── libnss_files.so.2 -> libnss_files-2.31.so
├── libpcre.so.3 -> libpcre.so.3.13.3
├── libpcre.so.3.13.3
├── libpcre2-8.so.0 -> libpcre2-8.so.0.9.0
├── libpcre2-8.so.0.9.0
├── libpthread-2.31.so
├── libpthread.so.0 -> libpthread-2.31.so
├── librt-2.31.so
├── librt.so.1 -> librt-2.31.so
├── libselinux.so.1
├── libstdc++.so.6 -> libstdc++.so.6.0.28
├── libstdc++.so.6.0.28
├── libtinfo.so.6 -> libtinfo.so.6.2
├── libtinfo.so.6.2
├── libunwind-ptrace.so.0 -> libunwind-ptrace.so.0.0.0
├── libunwind-ptrace.so.0.0.0 # strace 命令依赖
├── libunwind-x86_64.so.8 -> libunwind-x86_64.so.8.0.1
├── libunwind-x86_64.so.8.0.1 # strace 命令依赖
├── libunwind.so.8 -> libunwind.so.8.0.1
└── libunwind.so.8.0.1 # strace 命令依赖
lib64目录
lib64/
└── ld-linux-x86-64.so.2 -> /lib/x86_64-linux-gnu/ld-2.31.so
usr目录
usr
└── bin
├── bash
├── grep # mpirun 必须
├── groups
├── ls
├── strace
├── stty
├── uname # mpirun 必须
└── whoami # mpirun 必须
Intel-oneapi 镜像组件
mkl和mpi的库文件和可执行程序
oneapi
├── mkl
│ └── 2022.2.0
│ └── lib
│ └── intel64
│ ├── [313K] libmkl_blacs_intelmpi_lp64.so.2
│ ├── [ 71M] libmkl_core.so.2
│ ├── [ 40M] libmkl_def.so.2
│ ├── [ 20M] libmkl_intel_lp64.so.2
│ └── [ 28M] libmkl_sequential.so.2
└── mpi
└── 2021.7.0
├── bin
│ ├── IMB-MPI1
│ ├── IMB-MPI1-GPU
│ ├── IMB-MT
│ ├── IMB-NBC
│ ├── IMB-P2P
│ ├── IMB-RMA
│ ├── cpuinfo
│ ├── hydra_bstrap_proxy
│ ├── hydra_nameserver
│ ├── hydra_pmi_proxy
│ ├── impi_info
│ ├── mpicc
│ ├── mpicxx
│ ├── mpiexec -> mpiexec.hydra
│ ├── mpiexec.hydra
│ ├── mpif77
│ ├── mpif90
│ ├── mpifc
│ ├── mpigcc
│ ├── mpigxx
│ ├── mpiicc
│ ├── mpiicpc
│ ├── mpiifort
│ ├── mpirun
│ ├── mpitune
│ └── mpitune_fast
├── lib
│ ├── libmpi_shm_heap_proxy.so
│ ├── libmpicxx.a
│ ├── libmpicxx.so -> libmpicxx.so.12.0.0
│ ├── libmpicxx.so.12 -> libmpicxx.so.12.0.0
│ ├── libmpicxx.so.12.0 -> libmpicxx.so.12.0.0
│ ├── libmpicxx.so.12.0.0
│ ├── libmpifort.so -> libmpifort.so.12.0.0
│ ├── libmpifort.so.12 -> libmpifort.so.12.0.0
│ ├── libmpifort.so.12.0 -> libmpifort.so.12.0.0
│ ├── libmpifort.so.12.0.0
│ ├── libmpijava.so -> libmpijava.so.1
│ ├── libmpijava.so.1 -> libmpijava.so.1.0
│ ├── libmpijava.so.1.0
│ ├── libtvmpi.so -> libtvmpi.so.12
│ ├── libtvmpi.so.12 -> libtvmpi.so.12.0.0
│ ├── libtvmpi.so.12.0.0
│ ├── mpi.jar
│ └── release
│ ├── [ 16] libmpi.so -> libmpi.so.12.0.0
│ ├── [ 16] libmpi.so.12 -> libmpi.so.12.0.0
│ ├── [ 16] libmpi.so.12.0 -> libmpi.so.12.0.0
│ ├── [ 15M] libmpi.so.12.0.0
│ ├── [362K] libmpi_ilp64.a
│ ├── [ 19] libmpi_ilp64.so -> libmpi_ilp64.so.4.1
│ ├── [ 19] libmpi_ilp64.so.4 -> libmpi_ilp64.so.4.1
│ └── [357K] libmpi_ilp64.so.4.1
└── libfabric
├── bin
│ ├── fi_info
│ └── fi_pingpong
└── lib
├── libfabric.so -> libfabric.so.1
├── libfabric.so.1
└── prov
├── libefa-fi.so
├── libmlx-fi.so
├── libpsm3-fi.so
├── libpsmx2-fi.so
├── librxm-fi.so
├── libshm-fi.so
├── libsockets-fi.so
├── libtcp-fi.so
├── libverbs-1.1-fi.so
└── libverbs-1.12-fi.so
环境变量设置
ENV PATH="/opt/intel/oneapi/mpi/2021.7.0/libfabric/bin:${PATH}"
ENV PATH="/opt/intel/oneapi/mpi/2021.7.0/bin:${PATH}"
ENV LD_LIBRARY_PATH="/opt/intel/oneapi/mkl/2022.2.0/lib/intel64:${LD_LIBRARY_PATH}"
ENV LD_LIBRARY_PATH="/opt/intel/oneapi/mpi/2021.7.0//lib:${LD_LIBRARY_PATH}"
ENV LD_LIBRARY_PATH="/opt/intel/oneapi/mpi/2021.7.0//lib/release:${LD_LIBRARY_PATH}"
ENV LD_LIBRARY_PATH="/opt/intel/oneapi/mpi/2021.7.0/libfabric/lib:${LD_LIBRARY_PATH}"
# Very Important!!!
ENV FI_PROVIDER_PATH="/opt/intel/oneapi/mpi/2021.7.0/libfabric/lib/prov:${FI_PROVIDER_PATH}"
构建 VASP 镜像（5.4.4 版本）
首先拉取
intel/oneapi-hpckit基础镜像
docker pull intel/oneapi-hpckit
在这个基础镜像中将
VASP编译出来编写
Dockerfile从空白镜像构建VASP镜像（最终大小为 260M+），如下：
From scratch
LABEL maintainer="Hui Zhou"
COPY build/bin /bin
COPY build/usr /usr
COPY build/etc /etc
COPY build/lib /lib
COPY build/lib64 /lib64
COPY build/oneapi /opt/intel/oneapi
COPY build/vasp_gam /opt/vasp/bin/vasp_gam
ENV PATH="/opt/intel/oneapi/mpi/2021.7.0/libfabric/bin:${PATH}"
ENV PATH="/opt/intel/oneapi/mpi/2021.7.0/bin:${PATH}"
ENV LD_LIBRARY_PATH="/opt/intel/oneapi/mkl/2022.2.0/lib/intel64:${LD_LIBRARY_PATH}"
ENV LD_LIBRARY_PATH="/opt/intel/oneapi/mpi/2021.7.0//lib:${LD_LIBRARY_PATH}"
ENV LD_LIBRARY_PATH="/opt/intel/oneapi/mpi/2021.7.0//lib/release:${LD_LIBRARY_PATH}"
ENV LD_LIBRARY_PATH="/opt/intel/oneapi/mpi/2021.7.0/libfabric/lib:${LD_LIBRARY_PATH}"
ENV FI_PROVIDER_PATH="/opt/intel/oneapi/mpi/2021.7.0/libfabric/lib/prov:${FI_PROVIDER_PATH}"
WORKDIR /opt/vasp/bin/
CMD ["/usr/bin/bash"]
构建 GVasp 镜像（0.1.2 版本）
首先拉取
centos7基础镜像在该镜像中使用
conda安装GVasp编写
Dockerfile从空白镜像构建GVasp镜像（最终大小为 320M+），如下（build文件夹结构可以看这里）：
From scratch
LABEL maintainer="Hui Zhou"
COPY build/bin /bin
COPY build/usr /usr
COPY build/lib64 /lib64
COPY build/home /home
ENV PATH="/home/hzhou/anaconda3/envs/gvasp/bin:${PATH}"
CMD ["/usr/bin/bash"]
问题记录
CentOS6 镜像容器无法启动，报 139 错误
解决办法：在 .wslconfig 文件中增加以下内容重启可解决
[wsl2]
kernelCommandLine = vsyscall=emulate
warning: setlocale: LC_ALL: cannot change locale
解决办法：制作镜像时加入 /etc/locale.conf 文件